Theo quy định tại Luật Quản lý thuế, cơ quan Hải quan thực hiện hoàn thuế GTGT nộp thừa đối với hàng hoá NK và cơ quan Thuế thực hiện hoàn thuế GTGT đối với cơ sở kinh doanh.

Tổng cục Hải quan vừa có văn bản hướng dẫn hoàn thuế GTGT đã nộp tại khâu NK. Theo đó, tại khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định việc xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa: “Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo hoặc được hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt. Trường hợp người nộp thuế đề nghị bù trừ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ thì không tính tiền chậm nộp tương ứng với khoản tiền bù trừ trong khoảng thời gian từ ngày phát sinh khoản nộp thừa đến ngày cơ quan quản lý thuế thực hiện bù trừ”.

Điều 22 Thông tư 219/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định việc tổ chức thu thuế GTGT: “Cơ quan Thuế chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế GTGT và hoàn thuế GTGT đối với cơ sở kinh doanh; cơ quan Hải quan chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế GTGT đối với hàng hóa NK”.

Khoản 64 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Điều 131 Thông tư 38/2015/TT-BTC quy định: “Việc xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn thực hiện theo quy định tại Điều 132 Thông tư này. Số tiền thuế GTGT nộp thừa được xử lý đồng thời với thuế NK (nếu có)”.

Đối chiếu với các quy định hiện hành, Tổng cục Hải quan cho rằng, cơ quan Hải quan thực hiện hoàn thuế GTGT nộp thừa đối với hàng hoá NK và cơ quan Thuế thực hiện hoàn thuế GTGT đối với cơ sở kinh doanh.

Trường hợp DN NK hàng hoá theo loại hình nhập kinh doanh sau đó XK sản phẩm được sản xuất từ toàn bộ hoặc một phần nguyên liệu NK ra nước ngoài không thuộc trường hợp xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định tại Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14. Do đó, Tổng cục Hải quan đề nghị DN có vướng mắc đến vấn đề này liên hệ với cơ quan Thuế để được hướng dẫn cụ thể việc khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào đã nộp theo quy định.

Liên quan đến mã loại hình XNK hàng hoá, theo quy định tại Bảng mã loại hình XNK kèm theo Quyết định số 1357/QĐ-TCHQ ngày 18/5/2021 thì: Loại hình A12 nhập kinh doanh sản xuất sử dụng trong trường hợp DN Việt Nam nhập nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị phục vụ sản xuất trong nước (bao gồm cả hàng hóa NK để thực hiện dự án đầu tư): NK từ nước ngoài; NK từ khu phi thuế quan, DN chế xuấ; NK tại chỗ (trừ gia công, sản xuất XK, DN chế xuất và DN trong khu phi thuế quan); NK hàng hóa theo hình thức thuê mua tài chính.

Theo đó, việc DN NK nguyên vật liệu để sản xuất hàng hoá phục vụ tiêu dùng trong nước theo loại hình A12 là phù hợp.

Đồng thời, loại hình B11 là xuất kinh doanh, sử dụng trong trường hợp: DN XK hàng hóa ra nước ngoài hoặc XK vào khu phi thuế quan, DN chế xuất hoặc XK tại chỗ theo chỉ định của thương nhân nước ngoài theo hợp đồng mua bán. DN có vốn đầu tư nước ngoài (bao gồm cả DN chế xuất) thực hiện quyền kinh doanh XK hàng hóa có nguồn gốc mua trong nước.

Như vậy, trường hợp DN XK sản phẩm được sản xuất từ toàn bộ hoặc một phần nguyên liệu NK ra nước ngoài thì áp dụng mã loại hình E62.